专精特新代办申请的流程如下：

1. 申报采取网上填报与纸质报送相结合的方式。

2. 网上填报：企业通过“专精特新”中小企业在线报送系统，在线填写并上传相关材料。

3. 提交纸质材料：企业通过网上填报后，提交纸质材料装订成册，一式三份，所有复印件加盖申报单位公章，并现场拷贝电子版。

请注意，专精特新企业认定需满足以下基本条件：

1. 注册满2年。

2. 申报上年度营收超1000万。

3. 申报上年度营收增长率达15%以上或近两年主营业务收入或净利润的平均增长率达10%以上。

4. 近两年研发投入占销售收入比重达3%以上。